Przeglądnąłem pobieżnie tę aplikację. Widać, że podjąłeś próbę uporządkowania tego wszystkiego, ale mimo to muszę się zgodzić z przedmówcami, iż jest pewien bałagan. Sterowanie aplikacją jest zbyt rozproszone i porozrzucane po różnych plikach. Jest mnóstwo katalogów i plików. Aplikacja powinna być jak najprostsza, żeby dało się w niej bez problemu połapać. Widać też, że wszystkie pliki są niesystematycznie poukładane. Powinieneś w osobnym miejscu trzymać elementy sterujące, w osobnym miejscu elementy odpowiedzialne za pobieranie danych i w osobnym te, które dane wyświetlają. Niepotrzebnie masz te switch-e w plikach. Jak już ktoś wcześniej napisał, jest to nielogiczne. Powinieneś te instrukcje wkleić do jednej klasy nazwać ją np. `kontroler`, stworzyć odpowiednie metody, a w pliku, w którym uruchamiasz system (i który będzie tylko jeden, a nie piętnaście) wpisujesz np. $kontroler->uruchomSystem(); .
btw. W admin panelu css nie działa, albo jakiś dziwny tam jest...
Reasumując, widać, że dużo pracy w to włożyłeś i nie jest źle, jednakże powinieneś nieco poprawić swój styl projektowania, aby stał się lepszy (np. poprzeglądaj dobre frameworki, poszukaj artykułów na ten temat etc.)
.
Pozdrawiam.