Szukam programu, dzięki któremu w łatwy sposób będę mógł ustawić relację, indexy itd.

Czy może mi ktoś coś polecić?

Najzwyklejszy edytor, nic Ci więcej nie potrzeba. Najlepiej jak sobie będziesz na bieżąco modelował schemat w UML, wtedy wiesz co do czego i jesteś w domu. Poza tym pod konsolą wszystko ładnie widać jak na dłoni jakie tabela ma indeksy, klucze.