heja,
w sumie powinienem powiedziec omfg na wstepie ale co tam - wesloych swiat wszystkim

aktualizacja php i aktualizacja mysql.
zalezy w jaki sposob masz to poinstalowane,
jak z paczek to bedzie cos pewnikiem na styl apt-get update, apt-get upgrade nazwa_paczki, albo apt-get remove nazwa paczki i apt-get install nazwa_paczki nazwa_paczek_powiazanych...
jezeli jednak jedziesz ze zrodelek, to jest to nic innego jak kompilacja na nowo z parametrami z ktorymi kompilowana byla wczesniejsza wersja.
tj.
./configure + make + make install
pamietaj zeby tylko sobie zbackupowac poprzednie wersje php
np.
./configure --prefix=/usr/local/php4
make
i po mejku
apache2 stop && mv /usr/local/php4 /usr/local/php4_backup && make install && cp php.ini-dist /usr/local/php4/php.ini && apache2 start
najlepiej to robic w nocy kiedy uzytkownikow nie ma tak wielu... lub poprostu oglosic ze w takich a takich godzinach tego i tego dnia beda prowadzone prace konserwacyjne.
co do mysqla - rowniez to samo jak wczesniej + zrzucenie sobie wczesniej baz danych - najlepiej do postaci .sql z poziomu mysql_dump'a
a co do wylaczania uslug - tak - apache2 na ten moment w ktorym podmieniasz wersje phpca, i rowniez w tym momencie kiedy podmieniasz mysql'a - to rowniez stop - bo inaczej twoi uzytkownicy zobacza ladny napisa "could not connect to database ..."
eot
proceduralnie najpierw jezeli upgradeujesz bazke i otoczke apache (php), to najpierw powinno sie kompilowac mysql a dopiero pozniej php - jako ze jest ono kompilowane wraz z wspolpraca z mysql.