Tak jak wyżej tylko ja bym jeszcze dodatkowo zabezpieczył dodając token np.: z MD5 daty i czasu. Wstawił do bazy i później z tym porównywał.
http://www.twojadomenta.pl?login=email@dom...gf3g4f3g4f3gf43 coś takiego
przy rejestracji wstawiasz do bazy login, 0 do kolumny aktywny i generujesz token
<?php
// potem robisz treść maila a w nim min.:
$treść="http://twoja domena.pl?login={$_POST['login']}&kod=$token";
//rozpoznajesz i robisz update 0 na 1 i po sprawie
?>
ja dodatkowo robię dwie kolumny register_date i activ_date, żeby wiedzieć kiedy się rejestrował i aktywował.
To tak po krótce, przepraszam za chaotyczność.