Dziś nie myślę, ale napisze co mozesz poprawic:
1. foreach (unserialize($value->rocznekoszty)
(...).
Przerób to, zeby iterowalo po $value ogółem, a nie konretnej wlasnosci (->rocznekoszty).
Tzn. Np. foreach ($value as $v)...
Gdy juz sprawdzisz czy poprawnie zwraca (np. var_dump($v)) do tego to dopiero rob te zmienne.
$rocznekoszty = unserialize($v->cos);
$cena = unserialize(stripslashes($v->cena)); # poza tym, tu chyba powinna byc inna kolejnosc funkcji > ale nie wiem jak u ciebie to dziala

Musial bys pokombinowac, z ta petla. Bo nie mam jak przetestowac czy dobrze.
2. Zmienna count.
$count = $i++;
Skasuj nią najlepiej, i zrob $i++; dopiero za tym echo. To bedziesz mial 1 zmienna zamiast 2.
--
Czyli mniej wiecej cos takiego:
<?php
$i = 1;
foreach ($value as $v) {
echo '<tr id="wiersz-'.$i.'"> <td align="center" width="5%" height="5%">'.$i.'</td>
<td width="45%" height="5%"><input type="text" size="33" value="'.$rocznekoszty.'"/></td>
<td width="5%" height="5%"><input class="ctype_digit_dot" type="text" size="6" value="'.$cena[$i-1].'"/></td>
<td align="center" width="2%" height="5%">zł</td>
</tr>';
++$i;
}
?>
Ale miej na uwadze ten 1. Punkt bo moze nie dzialac jak trzeba. - przetestuj.