Zarządzanie uprawnieniami na serwerze z Nginx Opcje

[Despero]

Cześć, mam do was pytanie w jaki sposób administrujecie aplikacjami na swoich serwerach WWW. Mam dla przykładu serwer VPS, np. Debian do tego Nginx, jakąś DB i PHP7. Aplikacje trzymam w /var/www/nazwa_projektu uprawnienia do katalogu ma user nginx w grupie nginx. Projekt jest podpięty pod GIT i w jaki bezpieczny sposób wykonywać pull z git dla danego projektu? Raczej zmienić uprawnienia dla katalogu aplikacji z nginx na $USER raczej odpada, więc jak to robicie?