Separacja serwisu www, czy jest jakaś możliwość odseparowania jednej strony www od drugiej? Opcje

[Krisu]

Witam,
posiadam kilka stron www na jednym serwerze. Zapomniałem o aktualizacji jednej z nich i niestety zostałem zaatakowany. Na początku tylko ta jedna strona ucierpiała, ale niedługo po tym ucierpiały wszystkie pozostałe znajdujące się na serwerze. Nie było tego dużo bo tylko 3 domeny i 3 strony, ale zrobiło się problematycznie.

Wszystko przywróciłem z kopii bezpieczeństwa oraz zaktualizowałem do najnowszych wersji, do tej pory jest dobrze.

Mam pytanie, czy jest jakaś możliwość odseparowania jednej strony www od drugiej, tak żeby ewentualna infekcja nie przeniosła się na pozostałe katalogi. Chodzi mi o blokadę na zasadzie poziomu wyżej, ale tak by pliki nadal były wykonywalne.