[MySQL][PHP]Hierarchia w CMS, Jak wybrać odpowiednią hierarchię Opcje

[dens666]

Cześć,
jest to mój pierwszy post tutaj więc chciałbym na początek wszystkich powitać, na imię mi Michał mam 19 lat i informatyką interesuje się od dzieciństwa, wszystkim po trochu.
Ok teraz przejdzmy do mojego problemu, wygląda on następująco otóż od niedawna wynika to z tego iż mam zbyt dużo wolnego czasu, próbuję napisać swój własny mini CMS.
Nic zaawansowanego, logowanie + rejestracja, wszystko oparte na sesjach, system banowania, edycja profilu użytkownika, lekki panel administratora (Zmiana danych strony, title, desc, etc) i w sumie to tyle, dopiero poznaję tajniki PHP/MYSQL.
To co wyżej opisałem przełożyłem również na praktykę, i nie było najgorzej, lecz teraz już zaczynam się we wszystkim gubić, duży chaos, to jest coś niesamowitego...
Postanowiłem że zasięgnę porady u bardziej doświadczonych użyszkodników, mój problem plega główie na tym że nie wiem jak sobie to wszystko najlepiej rozplanować.
Potrzebuję kilku sugestji co do hierarchi plików, folerów oraz to jak między nimi się przełączać na stronie. Dotychczas używałem systemu podstron: http://rafal.brzezinski.me/system_podstron , lecz ten system jest straszny, strasznie kłopotliwe i drażniące jest dodawanie nowych stron etc. ogólnie sam skrypt nie jest najlepszy.
Ok dobra bo sam się już pogubiłem, w skrócie opiszę czego od was oczekuję.

- Hierarchia plików, jak powinna najlepiej wyglądać (katalogi i podstawowe pliki, jakie?).
- Jakiś system szablonów, coś jak z linku powyżej, najlepiej jakby było oparte o bazę MYSQL i mało lekki panel z możliwością dodawania i usuwania stron.
- I czy są jakieś gotowe funkcje dla strony w PHP? Chodzi mi np. o takie pliki z funkcji do sesji albo coś do ciasteczek, jakieś zaawansowane skrypty do podłączenia do strony (Nie odsyłajcie mnie do Frameworków).
- Budując stronę opartą o jakiś własny skrypt od czego zaczynacie? Najpierw php potem oprawa strony? Czy jak?

Byłbym bardzooo wdzięczny za jakieś rady.
Pozdrawiam Michaś.