Budowanie aplikacji Opcje

[Szymciosek]

Witam,
chciałbym rozstrzygnąć pewną kwestię:
1) Jak rozdzielić pliki w aplikacji? Czy wszystkie pliki php, w tym też klasy powinny być w jednym katalogu public (oczywiście rozdzielone na podfoldery, ale jednak całość trzymana jest w jednym miejscu)?
- Wg. znajomego powinienem mieć w public tylko views, styles, assets(obrazki i inne ładowane rzeczy)... później dopowiedział mi, że index nie powinno być w public, a trzymane w części private, tutaj się trochę zdziwiłem, wg. niego index ma być tam, a za wszystko ma być odpowiedzialny htaccess. Tylko jak?

Dalsza część, to wasza praktyka w budowaniu aplikacji, jak rozdzielacie całość?