[Java][HTML][PHP]pop up - zamykanie po wykonaniu instrukcji Opcje

[-owca-]

Witam
Robię cms, jestem początkująca w php, i mam taki problem:
zrobiłam przeglądanie newsów, tam klikając w odnośnik przy newsie można go usunąć. Aby było bezpieczniej to po kliknięciu na "usuń" pojawia się pop up pytający czy na pewno usunąć.
Chciałabym aby po kliknięciu w popup'ie "Tak, chcę usunąć" okienko wyświetliło komunikat że usunięto wpis a następnie się zamknęło.
Nie mam pojęcia jak to zrobić (zamykanie) ponieważ skrypt w java setTimeout umieszczony w Head zamyka okienko po określonym czasie bez względu na to czy kliknę tak czy nie kliknę na nic.
Jak to zrobić? da się może czymś innym niż setTimeout a jeśli tylko tym skryptem to jak wywoływać go dopiero od momentu kliknięcia w "tak, chcę usunąć" ?