[inne][CSS][JavaScript]Gdzie zamieszczać pliki? Opcje

[Jazi]

Witam,
Chciałem do folderu /include [czyli tam, gdzie mam wszystkie pliki includowane do głównego index'a] wstawić .htaccess z wyrażeniem "deny from all". Otóż okazało się, że po tym, jak to zrobiłem niestety nie odczytywało mi stylów strony. Czy mam rozumieć, że aby móc zablokować dostęp do plików w /include za pomocą .htaccess i nie mieć zniszczonej strony (w sensie wyglądu oraz funkcjonalności), muszę pliki stylów *.css oraz javascriptu *.js zamieścić w oddzielnych katalogach (np. /css oraz /js)?
Pozdrawiam.

Ktoś wie jak to z tym jest?