Automatyczny update aplikacji Opcje

[treewood]

Jako twórca pewnej aplikacji internetowej mam pewien problem.
Zastanawiam się nad tym by zrobić automat do update'u.
Oczywiście wszystko jest piękne do czasu gdy w kodzie php (w klasach, metodach itd) nie pojawiają się pewne specyficzne metody, obliczenia.

Czy macie jakiś pomysł w jaki sposób oznaczyć kod tak by update dotyczył całej aplikacji oprócz pewnych "segmentów", które były zrobione specjalnie dla danego klienta (indywidualizacja?).

Proste to niby gdy mamy osobne metody specyficzne dla klienta i trzymame je w innej klasie/pliku/miejscu. Jednak gorzej jest gdy zmiany dotyczą już istniejących metod.

Myślałem by każdą instrukcję np. if else dzielić na jakieś bloki np.
[php:1:b25050b7fe]<?php
if(warunek){
realizacja
} #1#
#after 1
elseif(warunek){
specyficzna realizacja kodu. tego normalnie nie ma
}
#before 2
elseif(warunek){
realizacja
} #2#
else {
realizacja
} #3#
?>[/php:1:b25050b7fe]

Oczywiście to prymitywny przykład i łatwo tą sytuację rozwiązać. Chodzi mi jednak o sens.
W normalnym/standardowym kodzie części instrukcji elseif między #after 1 i #before 2 nie będzie i w czasie update musi być wiadome, że tam a nie gdzie indziej ten warunek musi być wstawiony/nieruszony.

Czy macie jakieś lepsze pomysły/doświadczenie?