Zabezpieczenie zawartości katalogu przed ingerencją skryptów PHP Opcje

[qba10]

Witam

Czy można zabezpieczyć pliki w katalogu /katalog_glowny/ przed ingerencją skryptów PHP umieszczonych np w /katalog_glowny/podkatalog/ ale tak by skrypty z katalogu głównego mogły dokonywać ingerencji we wszsytkich swoich podkatalogach, jak i w swoim katalogu.
Chodzi mi głównie o możliowść edycji, usuwania i dodawania nowych plików z poziomu PHP.
Nie jestem specjalistą, ale wiem że coś takiego za pomocą chmod ale chmody mozna edytować z poziomu PHP a chodzi o to żeby zabezpieczyć katalog przed taką możliwością.
Czy można coś podobnego zrobić za pomocą .htaccess ?
Chodzi mi o rozwiązanie i na Windowsa i na Linuksa.