Bezpieczny upload Opcje

[Michu]

Witam. Chcę skonstruować system umożliwiający użytkownikom upload swoich plików na serwer i porządkowanie ich w katalogach.

Cała struktura wyglądałaby następująco:

[XML] pobierz, plaintext 
# index.php
# jakisplik.php
# ijeszczeinny.php
# users
          * user123
                    o img1.jpg
                    o vid1.flv
                    o file1.php
                    o mojepliki
                              @ doc1.txt
                              @ doc2.txt
          * user456
                    o img2.jpg
                    o vid2.flv
[XML] pobierz, plaintext 

Każdy użytkownik ma do dyspozycji swój folder w folderze users.

Problemy jakie mi się nasuwają są następujące:
- W jaki sposób umożliwić wgląd do folderów dopiero po zalogowaniu np. poprzez index.php?
- W jaki sposób umożliwić użytkownikom odpalanie skryptów php nie mając obawy o to że dobiorą się do plików innych osób, nie mówiąc już o strukturze strony?
- Co jeszcze musiałbym zrobić aby taki system można byłoby uznać za bezpieczny?