[PHP] Za długi czas wykonywania skryptu. Opcje

[Wotekk]

Witam,

Potrzebuję raz na dzień synchronizować stany magazynowe mojego sklepu internetowego z programem online do faktur.
Z uwagi na to, że aplikacja online'owa nie udostępnia możliwość pobierania stanów magazynowych które się zmieniły w czasie od * do *, zmuszony jestem raz dziennie aktualizować całą bazę.
Pomysł był taki (mało oszczędny) pobieram paczkami po 100 produktów stany magazynowe, następnie pojedynczo odpytuje aplikację magazynową o każdy produkt i wrzucam do tablicy gdy się różnią. Na koniec aktualizuje paczkami po 100 stany w sklepie internetowym.
Niestety wszystko trwa zbyt długo i skrypt nie wykonuje się do końca - zatem jak to ugryźć aby przeszło to do końca.
Pozdrawiam i dzięki za pomoc.