Forum PHP.pl

Nie napisałeś czy zależy Ci na local czy remote debug
Pierwsze krok jaki powinieneś poczynić to File -> Settings -> PHP -> Servers. Kliknąć zielony plus i dodać hosta, przy okazji w sekcji Debug możesz ustawić jakieś niestandardowe ustawienia, ale do pierwszego uruchomienia debugera nie są potrzebne tam żadne zmiany.
Później dajesz Edit Configuration -> zielony plus i wybierasz co konkretnie chcesz debugować. Dokumentacja, którą podałeś pokazuje nieco starszą wersję PHP Storm (mniej możliwości debugowania).

Polecam filmy na youtube jeżeli potrzebujesz krok po korku

Debugging PHP with PhpStorm solidna prezentacja 57min z oficjalnego kanału jetBrainsTV
Advanced Debugging in PhpStorm - PhpStorm Video Tutorial ten sam kanał, bardziej o możliwościach debugowania niż samej konfiguracji.

Setup xDebug with PHPStorm przystępnie w 5 min pokazane jak skonfigurować xDebuga

Postaram się opisać krok po kroku, ale zaczne od artykułu który może być pomocny, co prawda dotyczy on PHPStorm 2.0, ale opisuje kiedy używać remote debug itp.
Configuring PHP debugging in PhpStorm 2.0
PHPStorm umożliwia debugowanie wielu rzeczy i to miałem na myśli pisząc o wybraniu odpowiedniej opcji do debugowania. Można debugować całą aplikację, pojedyńczy skrypt, PHPUnit, skrypty JS, itd. Od razu przyznam się że nie sprawdzałem wszystkich tych opcji, bo nie miałem jeszcze potrzeby.

Artykuł wyżej opisuje 3 możliwości debugowania, wtedy tylko tyle było, teraz jest więcej, ale chyba te 3 sposoby są najcześniej wykorzystywane
1. Listener (uniwersalny)
2. Remote Debug (dla każdego projektu trzeba robić nową konfigurację)
3. Web Application Debug (dla każdego projektu trzeba robić nową konfigurację)

Ja opiszę tutaj pierwszą możliwość

Na początku trzeba zainstalować xDebug, to pominę bo myślę że jest 'oczywistą oczywistością'
Następnie w pliku php.ini:

[PHP] pobierz, plaintext 
[xDebug]
zend_extension = ""// Ścieżka do pliku .dll
xdebug.profiler_append = 0
#Ustawienia profilera
xdebug.profiler_enable_trigger = 1
xdebug.profiler_output_dir = "" // Ścieżka gdzie mają być gromadzone pliki
xdebug.profiler_output_name = "cachegrind.out.%t-%s"
 
xdebug.remote_host=localhost
xdebug.remote_port=9000
xdebug.idekey=PHPSTORM // Bardzo ważny jest tutaj ten klucz
xdebug.remote_mode=req
xdebug.remote_handler=dbgp
xdebug.remote_enable=1
[PHP] pobierz, plaintext 

Następny krok to bookmarklets. Z oficjalnej strony(http://www.jetbrains.com/phpstorm/marklets/index.html) możemy wygenerować funkcje, które umożliwią nam start debugera, istnieją też dodatki z tego co wiem na Chrome i Firefox. Nie ważne z czego skorzystamy, najważniejsze jest żeby IDE Key był identyczny z tym z pliku .ini

Teraz File -> Settings -> PHP -> Server i wypełniamy name, host i upewniamy się że zaznaczony jest nasz Debuger z rozwijanej listy.

Kolejny etap to włączenie nasłuchiwania, ikona przypominająca telefon, obok ikony 'Debug'.
Robimy breakpointa.
Przechodzimy do przeglądarki, włączamy nasz plugin, który generuje IDE Key, odświeżamy stronę iii... powiniśmy zostać automatycznie przeniesieni do aplikacji PHPStorm, który pokaże okienko do debugowania.

Ważna rzecz: Używając Listenera nie ma potrzeby dawać Edit Configuration i wybierać opcji debugowania, więc nie myśl że dodatkowo trzeba jeszcze coś wypełniać. To co wyżej napisałem powinno umożliwić debugowanie aplikacji.

Może jeszcze to się przydać:
Zero-configuration Web Application Debugging with Xdebug and PhpStorm

Przyznam sie szczerze że nie korzystam z wtyczki do przeglądarek, tylko ze skryptozakładek(bookmarklets), xDebug domyślnie nasłuchuje na porcie 9000 więc chyba taki powinien być.

Funkcja Start Debug dodaje ciastko o wartości odpowiadającej kluczowi, więc to dziwne że nie działa skoro Debug this page wykorzystuje ten sam mechanizm.
Pierwsza sprawa to sprawdziłbym czy aby na pewno po kliknięciu Start Debug, przeglądarka ma cookie o nazwie XDEBUG_SESSION i wartości zgodnej z pliku ini. Domyślnie PHPSTORM. Upewni się że żadna wtyczka nie blokuje tego ciastka. Często zdarza się że wtyczki, które zapobiegają śledzeniu usuwają pliki cookie.

Ciężko mi coś doradzić, bo w przypadku Listenera nie ma za dużo ustawień, a co za tym idzie za dużo szans popełnienia błędu.