Mam taki problem, uruchamiam w pętli ajax z odwołaniem do skryptu który wykonuje dużo zapytań sql.
Jak pętla obruci kilka razy to jest ok. Ale jak kilkadziesiąt to już połowa wywołanych skryptów ajaxem sie nie wykonuje wcale i wszystko sie wali.

O co tu może chodzić?

Prawdopodobnie przesyłasz nowe żądania ajaxowe zanim poprzednie zostaną ukończone i zwrócone, spróbuj skorzystać z setInterval()

Bardziej z setTimeout, np tak:

[JAVASCRIPT] pobierz, plaintext 
function doSomething(){
    $.ajax({/* parametry */,
    success: function(data){
        setTimeout(doSomething,100);
    });
}
setTimeout(doSomething,100);
[JAVASCRIPT] pobierz, plaintext 

W funkcji wywołujesz żądanie. Ustawiasz timeout na np 100, wywołujesz funkcję, która po zakończeniu żądania wywołuje samą siebie. Nie ma problemu, że wywoła się następne żądanie przed ukończeniem poprzedniego.

aha rozumiem tak podejżewalem ze sie zapyacha.

Tylko potrzebuje wywołać ajax określona liczbe razy np 40 razy

To może napisz nam co ty tam kombinujesz, a być może okaże się, że jest inne, lepsze rozwiązanie.