Zależy, do czego, generalnie:
- elementy graficzne wymagające kompresji stratnej (np. zdjęcia): jpg
- elementy graficzne, które nie mogą być stratne

- png lub gif
Inaczej:
- elementy bez opacity - png
- elementy z opacity - png lub gif (nie do wszystkich zastosowań da się użyć filtra pod IE)
Jeszcze inaczej:
- drobne elementy z kilkoma kolorami - gif
- większe elementy z większą liczbą kolorów - png
Myślę, że nowe strony warto opierać o png - niedługo problem IE 6.0 zniknie.