Odczytuje zmienne z pliku connect.php następnie chce zapisać nowe wartości i teoretycznie poniższy kod mi działa. Jednak problem pojawia się w sytuacji kiedy występuje podobny ciąg znaków wtedy dane są aktualizowane w innych zmiennych. Pytanie, w jaki sposób powiązać aby dane zapisywane w pliku były stricte do danej zmiennej.

[PHP] pobierz, plaintext 
include 'connect.php';
$content = file_get_contents('connect.php');
$replacementsOld = array($host, $db_user, $db_name, $db_password);
$replacementsNew = array($host_new,$db_user_new,$db_name_new,$db_password_new);
$content = str_replace($replacementsOld, $replacementsNew, $content);
file_put_contents('connect.php', $content);
[PHP] pobierz, plaintext 

Wydaje się, że mylisz tu dwie rzeczy. Dołączenie pliku PHP aby skorzystać z zawartych w nim danych jako obiekty PHP z zapisem pliku tekstowego.

Załóżmy, że Twój plik connect.php zawiera konfigurację połączenie z bazą danych:

[PHP] pobierz, plaintext 
return [
    'host' => 'localhost',
    'db_user' => 'username',
    'db_name' => 'database',
    'db_password' => 'SuperSecureP433wor0!'
];
[PHP] pobierz, plaintext 

Teraz, gdy zrobisz include takiego pliku do zmiennej możesz łatwo w kodzie korzystać z tych wartości:

[PHP] pobierz, plaintext 
$config = include 'connect.php';
 
echo $config['host']; // localhost
[PHP] pobierz, plaintext 

Natomiast, jeśli byś chciał zapisać nowe ustawienia do pliku, to musisz po prostu odtworzyć całą zawartość w formie zwykłego tekstu, czyli:

[PHP] pobierz, plaintext 
$configString = "return [
    'host' => 'localhost',
    'db_user' => 'username',
    'db_name' => 'database',
    'db_password' => 'SuperSecureP433wor0!'
];";
 
file_put_contents('connect.php', $configString);
[PHP] pobierz, plaintext 

includowane pliki nie są tablicami np. plik connect.php wygląda tak, następnie te wartości przypisuje do inputów i dalej zapisuje nowe wartości. Zastosowałem tablice bo wydawało mi się to rozsądne ale teraz widzę że jest z tym problem.

[PHP] pobierz, plaintext 
	$host = "localhost";
	$db_user = "root";
	$db_name = "test";
	$db_password = "test";
[PHP] pobierz, plaintext 

To wygeneruj sobie plik w takiej postaci.
Nie musisz stosować żadnego str_replace.

tylko w jaki sposób zaktualizować nowe wartości w

[PHP] pobierz, plaintext 
file_put_contents('connect.php', $content);
[PHP] pobierz, plaintext 

Generując nowy plik. Tak jak pokazał Vokiel, ale w trochę innej postaci. Po prostu musisz wygenerować plik connect.php, w takiej postaci jak pokazałeś.

Poczytaj o plikach env i zerknij później np. tutaj: https://github.com/vlucas/phpdotenv