Witam.

Używając json_encode, przekształca tablicę na dwa różne sposoby i nie wiem od czego jest to zależne.

Raz:

[PHP] pobierz, plaintext 
Array ( [categories] => Array ( [0] => 1 ) [subcategories] => Array ( [0] => 5 ) [subsubcategories] => Array ( [0] => 5 [1] => 6 ) ) 
{"categories":["1"],"subcategories":["5"],"subsubcategories":["5","6"]}
[PHP] pobierz, plaintext 

Kolejnym razem z kolei:

[PHP] pobierz, plaintext 
Array ( [categories] => Array ( [0] => 1 ) [subcategories] => Array ( [0] => 5 ) [subsubcategories] => Array ( [1] => 6 [2] => 5 ) ) 
{"categories":["1"],"subcategories":["5"],"subsubcategories":{"1":"6","2":"5"}}
[PHP] pobierz, plaintext 

Od czego to zależy? Chodzi o klucz subsubcategories.

Zauważ, że w drugim przypadku numeracja tablicy nie zaczyna się od 0, ale od 1. W JS powodowałoby to powstanie tablicy:

Stąd sensowniej jest taką tablicę sprowadzić do obiektu.

Użyłem

[PHP] pobierz, plaintext 
array_values($arr);
[PHP] pobierz, plaintext 

Chyba, że jest lepsze rozwiązanie?

Najpierw bym sprawdził czemu wgl dostajesz taką śmieszną numerację

czasem usuwam element według klucza, a następnie dodaje inny element, więc zapewne od tego(?)

Całkiem możliwe. Skoro tak, to array_values zdaje się sensownym rozwiązaniem.

możesz jeszcze zanim przepuścisz przez json_encode wrzucić w sort().
Dzięki temu klucze będą przenumerowane i nie będziesz miał problemu z kluczami.