Czy ktoś wie jaka może być przyczyna tego, że po przeniesieniu strony z Apache na IIS strona wyświetla się ale bez stylów. Cały układ jest rozwalony. Mam to postawiona na IIS6 (Windows Serwer 2003) i PHP 5.3.1.

Ścieżki do plików CSS są względne/bezwzględne* i po przeniesieniu na inny serwer, strona nie może do nich się dostać. Podaj linka do strony, będzie łatwiej stwierdzić co jest nie tak.

* - niepotrzebne skreślić

Ścieżki do plików css są względne. Strona testowo została przeniesiona na IIS z Apacha. Niestety z linkiem do strony nie da rady bo wszystko stoi w sieci Intranetowej bez dostępu na zewnątrz. Jak odpalam stronę na IIS wszystkie style są wyłączone.

Po przeniesieniu na IIS document root został ustawiony tak samo jak w przypadku Apache? Jeśli nie, to stąd problem ze stylami.

A dlaczego powinienem ustawić document root identycznie jak na Apache. Mam ścieżki typu

[HTML] pobierz, plaintext 
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="css/style.css" media="screen"/>
[HTML] pobierz, plaintext 

W IIS mam ustawioną lokalizację plików na C:\inetpub\wwwroot\portal
Apache miałem zupełnie na innym dysku w ścieżce E:\Apache\htdocs\portal
Chyba że źle myślę

Źle myślisz. Document root oznacza, że od tego katalogu serwer zaczyna "przeszukiwać" katalogi w poszukiwaniu żądanego zasobu. Jeśli zmieniłeś strukturę katalogów lub inaczej ustawiłeś dokument root, wówczas może pojawić się opisany problem.
Ale w Twoim przypadku problemem może być nie document root, a domena. Pod jaką domeną strona działała na Apache i jaką domenę ustawiłeś na IIS?