No więc pokrótce mogę opisać jak to u mnie wygląda.
1. Pliki doctrine wrzucone do foldera /modules/doctrine (w tym folderze są pliki doctrine i doctrine.php oraz foldery 'hooks' i 'vendor' - w tym ostatnim są już właściwe biblioteki - folder Doctrine i plik Doctrine.php).
2. W config.php mam dopisane MODPATH.'doctrine' do $config['modules'] oraz zmienną $config['database_dns'] = 'mysql://.......' czyli parametry połączenia.
3. W modules/doctrine/hooks/doctrine.php jest taka zawartość:
<?php
ini_set('include_path',ini_get('include_path').PATH_SEPARATOR
.APPPATH
.'models/doctrine'.PATH_SEPARATOR
.APPPATH
.'models/doctrine/generated');
require_once(dirname(__FILE__).'/../vendor/Doctrine.php');
$db = Kohana::config('database.default');
$conn_string = "{$db['connection']['type']}://{$db['connection']['user']}:{$db['connection']['pass']}@{$db['connection']['host']}/{$db['connection']['database']}";
// Set the autoloader
spl_autoload_register
(array('Doctrine', 'autoload'));
$manager = Doctrine_Manager::getInstance();
$manager->setAttribute(Doctrine::ATTR_MODEL_LOADING, Doctrine::MODEL_LOADING_CONSERVATIVE);
// Load the Doctrine connection
$conn = Doctrine_Manager::connection($conn_string);
// Load the models for the autoloader
Doctrine::loadModels(APPPATH . DIRECTORY_SEPARATOR . 'models/doctrine');
... dalej są jeszcze ustawienia profilera Doctrine, ale nie korzystam chwilowo
4. W głównym kontrolerze ustanawiam połączenie:
$this->db = Doctrine_Manager::connection(Kohana::config('core.database_dns'));
PS. W punkcie 3. jest zmienna $conn_string, która bierze wartości z config/database.php, ale ja mam tam jakieś domyślne i w niczym to nie przeszkadza (znaczy nie jest to używane).
PPS. Mogłem coś pominąć, no i powyższe rozwiązanie może nie być optymalne... ale działa

Jak ktoś ma pomysły na zrobienie tego lepiej, to chętnie posłucham