Witam
Z mojego doświadczenia wynika że mysql ma znacznie większe średnie obciążenie systemu niż apache z php. Problem się zaostrza przy wykorzystaniu rekordów typu blob.
Apache natomiast lubi skokowo zająć cały czas procesora, zwłaszcza przy przetwarzaniu plików graficznych w czasie rzeczywistym, czy generowaniu plików pdf, jednak są to krótkotrwałe zjawiska. Oczywiście obciążenie systemu wzrasta wraz z ilością stron do obsłużenia. Polecam Ci instalację na obu systemach tego samego, a potem testy, bo wydajność systemu to raczej nauka empiryczna, niż ścisła

Jeżeli serwer jest otwarty "na świat" to udostępnianie połączeń mysql'a na otwartych poprtach nie jest najbezpieczniejszym rozwiązaniem. Najlepiej mieć jeden system, za to wydajny, najlepiej 2 procesorowy, ale chyba na nic Ci taka porada.
Pozdrawiam,