Z tego co patrzyłem na to to to weryfikuje czy podpis jest prawidłowy. I do tego to już też doszedłem

Nie zauważyłem tam, żeby było gdzieś sprawdzanie czy dany plik np. pdf to jest ten do którego jest podpis.
No chyba, że z racji późnej godziny i zmęczenia, jakimś cudem nie zauważyłem tego :/
ps. nie wiem jakim cudem znalazłeś to w 3s. Ja przegrzebuje neto od 6 godzin i szukam informacji na ten temat, ale tej strony nie udało mi się znaleźć. :/
Zostawiam dla potomnych

Aby zweryfikować czy plik i klucz pasują do siebie. Dla pliku robimy
$crypt = new Crypt_Hash();
i porównujemy go z wartością w pliku *.xades w pozycji ds:DigestValue