Dane zostały utworzone w Excelu i wyeksportowane do .csv. Niestety w niektórych komórkach znajdują się niewidoczne znaki w tym znak końca wiersza. Przez to

[PHP] pobierz, plaintext 
file(plik.csv)
[PHP] pobierz, plaintext 

zwraca tablicę w której są czasami fragmenty wierszy.

W jaki sposób usunąć te niechciane niewidoczne znaki ale pozostawić ostatni znak końca wiersza?

bo do csv jest inna funkcja.. getcsv

To nic nie zmienia. Funkcja fgetcsv () sczytuje dane z pliku wiersz po wierszu. Jeżeli wiersz jest "złamany" bo w którejś z linii znajduje się niewidoczny znak \n to do tablicy zwracanej przez funkcję fgetcsv() wędruje fragment poprzedniego wiersza. Nie mogę usunąć z plików wszystkich znaków \n bo wtedy powstanie jeden wiersz. Musiałbym usunąc z wiersza wszystkie po za ostatnim przy czym może się zdarzyć, że ostatni jest równocześnie jedynym.

pokaż taki wiersz z tego csv

[PHP] pobierz, plaintext 
105;a; ;b;138,112,191;1292; ;c;opis
opis: opis
";d;e; ;f;0;n;;;g; ; ; ; 
106;a; ;b;11,12,13; ;c;opis: opis;d;e; ;f;0;n;;;g; ; ; ;
[PHP] pobierz, plaintext 

Wkleiłem dwa wiersze: 105 w którym opis jest złamany i to w dwóch miejscach. 106 (poprawny) to kolejny wiersz.

P.S.
Plik jest zapisywany do .csv w LibreOffice Calc. Przy zapisie opcje: rozdziel pola ; i separator tekstu ". Chyba dość dziwne, że znak " dla wiersza 105 znajduje się tylko na końcu pola z opisem. W wierszu 106 znak " nie występuje wcale.

dlatego Ci nie działa, bo jest źle sformatowany csv

" powinien być na początku i na końcu tekstu, wtedy łamanie linii nie będzie niczym innym jak tekstem i odczytany jak komórka.

TO by trochę wyjaśniało sprawę. Pytanie teraz dlaczego LibreOffice w tym przypadku to tak zapisuje.