Mam bazę danych o dość prostej strukturze

[SQL] pobierz, plaintext 
CREATE TABLE `users` (
  `id` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
  `login` varchar(25) NOT NULL,
  `password` char(40) NOT NULL,
  `email` varchar(255) NOT NULL,
  `registered` timestamp NOT NULL DEFAULT CURRENT_TIMESTAMP,
  PRIMARY KEY (`id`),
  UNIQUE KEY `login` (`login`)
) ENGINE=InnoDB AUTO_INCREMENT=7 DEFAULT CHARSET=utf8;
 
-- user_id to tutaj wysyłający a mb_id to skrzynka do której ma wiadomość dotrzeć
CREATE TABLE `message` (
  `id` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
  `mb_id` int(11) NOT NULL,
  `user_id` int(11) NOT NULL,
  `message_topic` varchar(255) NOT NULL,
  `content` text NOT NULL,
  PRIMARY KEY (`id`),
  KEY `mb_id` (`mb_id`),
  KEY `user_id` (`user_id`),
  CONSTRAINT `mb_id` FOREIGN KEY (`mb_id`) REFERENCES `message_box` (`id`) ON DELETE CASCADE ON UPDATE CASCADE,
  CONSTRAINT `user_idm` FOREIGN KEY (`user_id`) REFERENCES `users` (`id`) ON DELETE CASCADE ON UPDATE CASCADE
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8;
 
-- ----------------------------
 
-- ----------------------------
CREATE TABLE `message_box` (
  `id` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
  `user_id` int(11) NOT NULL,
  PRIMARY KEY (`id`),
  UNIQUE KEY `user_id` (`user_id`),
  CONSTRAINT `user_id_mb` FOREIGN KEY (`user_id`) REFERENCES `users` (`id`) ON DELETE CASCADE ON UPDATE CASCADE
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8;
[SQL] pobierz, plaintext 

Jakie ułożyć zapytanie aby tworząc użytkownik od razu tworzyłaby się skrzynka na wiadomości dla niego, czy trzeba to jakoś rozbić na dwa zapytania?

Na dwa.
Dodajesz usera, pobierasz jego ID (zakładam, że jest to klucz AUTO_INCREMENT i po tym identyfikujesz userów w systemie) f-cją mysql_insert_id(), a następnie używasz go dla pola 'user_id' tabeli message (zakładam, że jest to pole tworzące relację pomiędzy tymi dwiema tabelami, a będące ID usera)

A jaką funkcję ma w ogóle tabela message_box? Czy jeden użytkownik może mieć więcej niż jedną skrzynkę?

Nie jeden użytkownik może mieć tylko jedną skrzynkę, rozumiem o co ci chodzi czy jest sens tej tablicy posiadania, teraz się właśnie zastanawiam czy nie zamienić
`mb_id` int(11) NOT NULL, w message na odbiorce gdzie odbiorca byłby kluczem obcym wskazującym na id w users.

Jeśli rzeczywiście jeden użytkownik - jedna skrzynka, to będzie to najlepsze rozwiązanie.

Chyba że ze skrzynką związane są jeszcze jakieś inne kolumny, które mają sens tylko w kontekście wysyłania/odbierania wiadomości. Można je wtedy wydzielić do osobnej tabeli (nazywa się to partycjonowaniem pionowym). Wtedy jednak kolumna ID takiej tabeli nie powinna być AUTO_INCREMENT tylko być właśnie kluczem obcym (z atrybutem UNIQUE) do głównej tabeli.