Chcę stworzyć "portal internetowy" w którym będzie możliwość m.in. upload zdjęć. Jak rozwiązać sprawę przechowywania zdjęć..
Każdy profil ma folder ? Jak nazywać te zdjęcia żeby je łatwo wyciągać...?

Folder np. gallery, dla każdego usera folder gallery/user nazwy zdjęć dajesz po idku w bazie i tyle.

Sposobów jest wiele, odradzam trzymanie obrazków w bazie danych, a jedynie linków do określonego folderu z plikiem graficznym.
Ja mam trochę inna propozycję jak mój poprzednik, żeby nie tworzyć setki tysięcy folderów nadajesz obrazkom określoną nazwę pliku np idusera_timestamp.jpg np. 12_12000000.jpg wtedy obrazki możesz trzymać w jednym folderze np user_gallery i rozpoznawać id usera po nazwie pliku.
Innym sposobem jest nadawanie samego timestampu (nadaje się go po to żeby nazwa pliku była zawsze inna i nie napisała innego zdjęcia w galerii) a stworzenie tabeli pomocniczej w bazie danych gdzie trzymać będziesz nazwy plików np.

id_user | img
--------------------------
1 | 1200000.jpg
2 | 1200001.jpg
itp.

Jeśli to będzie stało na apache a plików userzy wygenerują > 500 to czuje że w pewnym momencie maszyna klęknie. Wiem z doświadczenia, ponad 500 plików i czas odczytu wzrasta.

Racja, racja - za dużo plików w jednym folderze nie może być. Jak zrobi się kilkadziesiąt tysięcy plików to będzie problem.
Najlepiej dla każdego usera oddzielny katalog, czyli np:
Galeria/User_ID/Zdjecie_ID.jpg
Gdy user likwiduje konto to kasujemy po prostu jego katalog.

I to właśnie zaproponowałem.