Funkcje wyszukujesz w plikach i usuwasz ją normalnie, w kodzie.
Jednakże wszystkie jej wywołania, niestety musisz wyszukać, ale to jest mały problem. Większy problem jest to że jeżeli funkcja jest używana w wielu miejscach, to zdestabilizujesz sobie działanie swojej strony.
Chyba że ...
Muszisz bardziej sprecyzować co chcesz osiągnąć. Wygląda jakbyś chciał trojana napisać, a nie wiedział jak