Problem znany i (nie) lubiany głównie przy CMSach s phpowym uploaderem czy installerami. Jak już dosc szybko zauważyłeś (mnie leniwi admini psubraty 3 miesiace odsyali na drzewo, ze ma skrypt poprawic) - problemem sa prawa wlasnosci do plikow ktore sa ponad chmodem. Opisze to nieco partyzancko i moze niezbyt precyzyjnie bo az tak gleboko nie znam tematu ale idee wylapisze od razu.
Przy okazji bardzo goraco poprosze o sprostowanie i wyjasnienia jak ktos to zna z poziomu konfiguracji php i apacza.
fakty:
- programy (ftp, php) dzialajace jako inni userzy serwera nie moga ruszac "nieswoich plikow"
- pliki i katalogi sa tworzone z przypisanym userem procesu ktory je tworzy
- zmiany wlasciciela (php: chown) moze dokonac tylko superuser
hipotezy:
- problem wystepuje tylko gdy php dziala "jako CGI"
- lub ma celowo zmieniana maske fileownera
- a przy tym wszystkim ktos nie zadbal o poprawne przypisanie userow do grup (user php nie wie ze jest "w grupie" usera apache)
w ten sposob i ftp i php krzyczy "to moje, nie ruszaj" i jestes w okolicach kiszki stolcowej
Po wielotygodniowych walkach z adminem - wyczuwalem wtedy o co chodzi ale nei umialem tego technicznie nazwac, to w koncu ja wyslalem admina na drzewo i sie przenioslem na serwer Netmark, tutaj wystarczyl krotki komunikat "prosze mi ustawic serwer tak zeby nie bylo konfliktu fileownerow miedzy php i ftp", za pol godziny mialem po problemie.
Przy konflikcie fileownerow nie wykonasz zadnej operacji poza kopiowaniem cudzego pliku, chmodowanie to slepa uliczka, to może, powinno i musi działac sprawnie inaczej a jak nie potrafia tak ustawic serwera to wiesz co ... -> drzewo

Z praktyki dla malo wymagajacych aplikacji wynika ze najlepiej zeby i php i ftp chodzilo z tym samym userem (najczesniej jest to nazwa Twojego konta na serwerze wspoldzielonym). Spotkalem tez serwer gdzie php dzialalo jako apache a ftp jako noone i o ile z ftp nie bylo klopotow to pbsluga plikow przez php byla nieszczelna, moglem sobie wedrowac po calym serwerze.