Dla mnie ten zapis jest delikatnie mówiąc wątpliwy:
$this->template->set('flash', (isset( $_SESSION['flash'])?
$_SESSION['flash']:""));
Bo mnie zależałoby żeby przekazać ten parametr, a jeśli go nie ma - to i nie ma sensu próbować go ustawić
if(isset($_SESSION['flash']) && !empty($_SESSION['flash'])) $this->template->set('flash', $_SESSION['flash']);
--
Co do drugiego może napisz konkretnie jakie jest to zawiadomienie (podejrzewam warning)
Oraz z czego korzystasz przekazując zmienną przez setter do template.