w jaki sposób sformatować string tak aby wyszło coś takiego "000001, 000002 ..." i wpisać to do zmiennej?

A jakie jest wejście? Podałeś tylko wyjście.

Wejście 1,2,3,4....

1. Rozbij wejście na pojedyncze liczby (explode).
2. Sformatuj każdy z elementów (sprintf lub str_pad).
3. Złącz wszystkie elementy w jeden tekst (implode).

Możesz jeszcze użyć number_format.