Pewnie, że wszystko da się zrobić z poziomu php. Można wywoływać wiersz poleceń ssh przez ssh2_* lub po prostu połączyć się z rootem. W każdym razie w obu przypadkach będziemy pracować na SQL.
Co to twojego problemu z tworzeniem userów. Problem może wynikać z tego iż dany user nie ma praw do tworzenia bazy. Zaloguj się przez niego do phpMyAdmin i sprawdź czy on pozwala na utworzenie bazy. Z poziomu roota o ile nic nie poprzestawiałeś masz wszystkie prawa.
A teraz przejdźmy do praktyki.
1. Pokazanie baz danych z poziomu php.
<?php
2. Utworzenie bazy danych:
<?php
3. Stworzenie nowego użytkownika i nadanie mu praw do konkretnej bazy.
<?php
$query = mysql_query("GRANT ALL ON nowa_baza.* TO UŻYTKOWNIK_BAZY@localhost IDENTIFIED BY 'HASŁO'");
4. Kasowanie bazy danych
<?php
Co do DA, uważam że jest świetnym narzędziem. Jeżeli masz z nim jakiekolwiek problemy to tylko kwestia twojej niewiedzy na temat jego obsługi. Forum powinno rozwiązać wszelkie wątpliwości.
Panel, czy to cPanel czy DA nie ma nic do gadania podczas tworzenia użytkowników przez PHP.
Mam nadzieję, że pomogłem. Pozdrowienia