Z tego co pamiętam plik konfiguracyjny do phpmyadmin to przyjmuje on tablicę hostów i ich danych. Szło to jakoś tak
host[0] = ''
passw[0] = ''
dla podstawowego...
By dodać kolejny musiałeś w tymże pliku dorzucić dodatkowo kolejne z [1], [2] i tak dalej. Osobiście nie korzystałem z tego, więc tylko informuje co tam było gdy ostatnio konfig przeglądałem jakoś kilka dni temu